En donde es conveniente programar , ¿ Windows o Linux ( Ubuntu ) ?

Las opiniones varían pero el mejor depende al mercado al que desees dedicarte. 

Aclarando que Linux no es similar a widows, ni viceversa, son sistemas operativos diferentes dirigidos a públicos diferentes, con prestaciones diferentes.

Eso de que son similares se debe a las diferentes distribuciones de Linux que hay en el mercado que tratan de hacer la transición de los usuarios de Windows hacia Linux menos difíciles. 

Windows es un sistema para usuarios finales, publico en general

Mientras que Linux es un sistema hecho por programadores para programadores. 

En conclusión ;

En lo personal para programar con eclipse en Linux es mejor en cuanto a su rapidez y optimización , pero en Windows hay mas accesibilidad en cuanto algunos archivos que podamos llegar a necesitar. Para finalizar los dos son muy buenos pero como todo tienen sus pro y contras.

Para desarrollar : Cualquier sistema operativo que emule el comportamiento del entorno de producción.

Para realizar pruebas y debuggin : Debe hacerse en el sistema operativo correspondiente al entorno de producción.

Referencias:

 http://www.genbetadev.com/